دانشگاه گنبد کاووس در سال 1362 تحت عنوان آموزشکده کشاورزی گنبدکاووس زیر نظر دانشگاه مازندران با 2 رشته کاردانی و پس از آن زیر نظر دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان شروع به فعالیت نمود. این فعالیت با افزایش تعداد رشته ها و ارتقاء آموزشکده به دانشکده کشاورزی تا سال 1378 به عنوان یکی از دانشکده های  دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان ادامه داشت. این دانشگاه در سال 1387 با سفر دوم ریاست جمهور و هیئت دولت از دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان منفک گردید و از مهر 1387 و تحت عنوان مجتمع آموزش عالی گنبدکاووس فعالیت خود را در 25 رشته تحصیلی در سه مقطع کاردانی، کارشناسی و کارشناسی ارشد در سه دانشکده علوم کشاورزی و منابع طبیعی، دانشکده علوم پایه و فنی مهندسی، دانشکده انسانی و تربیت بدنی با 2500 دانشجو شروع نمود، و با اعلام معاونت آموزشی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری از اول اردیبهشت 1390 به دانشگاه گنبد کاووس ارتقاء یافت که در حال حاضر دارای 74 رشته  در 5 مقطع تحصیلی  و 5 دانشکده بوده و بالغ بر 3600 دانشجو در این دانشگاه مشغول تحصیل هستند.